Ač rodilý Pražák, který byl odchovancem SK Union Vršovice a dočasně oblékal i dres Sparty, největších úspěchů dosáhl v modrobílých barvách Kladna, které oblékal od podzimu 1931.


Byl hráčem základní sestavy v dosud nejúspěšnějším kádru historie klubu, když přispěl k historické třetí příčce SK v nejvyšší soutěži v sezoně 1933-34. V obranné dvojici s Františkem Nejedlým nastoupil i v utkáních Středoevropského poháru a podílel se na senzačním vyřazení Ambrosiany (dnes Inter) Milán z tehdy prestižní soutěže.


V Kladně vydržel až do jara 1936, když odehrál nejčastěji na místě levého obránce 206 utkání (z toho 82 ligových).


Jako hráč působil po odchodu z Kladna ještě v SK Viktoria Plzeň, SK Libeň a Novoměstský SK Praha. Aktivní hráčskou činnost ukončil v roce 1940.

Následně se věnoval i trenérské práci, především v pražských oddílech. Emil Habr zemřel 29. prosince 1981. Čest jeho památce.